La restauración de espacios salvaguardados por el Instituto Nacional de Antropología es un asunto delicado por la magnitud de los recintos. La conservación de lugares históricos es necesaria, pero los trámites para realizarlas generalmente son tardados. En este caso, el Museo Franz Mayer ha recibido la autorización de las obras de remodelación en el Claustro Mayor y en el piso inferior. Sin embargo, esta aprobación llega en un periodo de apogeo del lugar gracias a la exposición de «31 Museo».
Un punto destacable de la remodelación, es la rehabilitación de los pisos de la planta baja del Claustro Mayor. Además, la eliminación de losetas contemporáneas y la corrección de niveles y pendientes para restituir piezas en buen estado y añadir algunas nuevas. El Museo Franz Mayer requiere cerrar temporalmente para proceder con este proyecto de restauración.
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Aún no se ha determinado la fecha de inicio de las obras y también se desconoce el periodo que deberá permanecer cerrado. En 2019, por ejemplo, el Museo Franz Mayer atravesó un proceso de remodelación que duró más de un año. Para este proyecto, el patronato del museo solicitó en julio de 2022, la autorización al INAH para realizar adecuaciones en el Claustro Mayor. Este edificio data del siglo XVI y fue sede del antiguo Hospital de San Juan de Dios. A partir de 1931, obtuvo la declaratoria de Monumento Histórico.
El proyecto de restauración tiene en la mira también la mejora de la arquitectura paisajista del patio. Se pretende conservar la esencia del jardín que es una característica distintiva de los hospitales de la época. Para ello, se realizarán estudios pertinentes para garantizar que las especies arbóreas que lo habitan, no sufran afectaciones. El patronato del Museo Franz Mayer elaboró una investigación histórica a petición del INAH para poder aprobar el proyecto.
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Después de ello, se entregó un segundo proyecto de remodelación del Museo Franz Mayer en junio de 2023. Al ser revisado nuevamente por el CMHI, se autorizó la instalación de una cubierta retráctil. Este órgano está integrado por especialistas en la materia y de carácter multidisciplinario: arquitectos, arqueólogos, ingenieros, restauradores e historiadores.
El Consejo de Monumentos Históricos Inmuebles (CMHI) del INAH garantizará el cumplimiento de las condiciones establecidas para el proyecto. La cubierta retráctil se instalará sobre la azotea del Claustro Mayor y el porcentaje de apertura deberá ser del 93%. Esto, con la finalidad de conservar el microclima y evitar con ello, daños al patrimonio. La estructura se elaborará con una combinación de lona desmontable y franjas translúcidas y opacas, sostenidas por una estructura de aluminio ligera y transparente del Museo Franz Mayer.
Además, el CMHI autorizó la restauración de las columnas de cantera en los dos niveles del Claustro Mayor, al igual que de varios elementos de madera. Dentro del proyecto, se incluye la rehabilitación de la instalación hidráulica y pluvial, mejorando la canalización de agua desde la azotea y la impermeabilización correspondiente. Y se planea instalar iluminación en todo el claustro y la azotea sin perforar o dañar la estructura del Museo Franz Mayer.